Законодатель позаботился о более выгодном положении налогоплательщиков - участников проекта "Сколково", относительно других групп налогоплательщик, очевидно, данный шаг имеет своей целью ускорить развитие научного потенциала и наращивание экономической мощи Российской Федерации.Следует отметить, что законодателем также предусмотрены условия, при нарушении которых налогоплательщик - участник проекта "Сколково" лишается права на применение налоговых льгот. Таким нарушениями являются: - утрата статуса участника проекта "Сколково"; - превышение установленного лимита выручки. Данный лимит равен 1 миллиарду рублей. Кроме того, следует иметь в виду, что речь идет именно о выручке, а не о прибыли. В случае если налогоплательщик - участник проекта "Сколково" утрачивает право на применение налоговой льготы ввиду превышения установленного лимита выручки, то он вправе применять нулевую ставку в отношении прибыли, полученной с начала налогового периода, в котором произошло превышение. Однако следует иметь в виду, что в связи в вступлением в силу Федерального закона от 28.11.2011 N 339-ФЗ "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации", совокупный размер прибыли ограничен 300 миллионами рублей, то есть в случае превышения данного размера прибыли ставка на прибыль составит 20 процентов. Следует отметить, что в соответствии с нормами пункта 3 статьи 246.1 НК РФ налог за период, в котором был утрачен статус участника проекта, подлежит восстановлению в бюджет с уплатой соответствующих сумм пеней.В письме Управления ФНС РФ по г. Москве от 11.08.2011 N 16-15/079014@ налоговый орган указал, что, если годовой объем выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), исчисленный по правилам главы 21 НК РФ, превысил 1 миллиард рублей, участник проекта обязан исчислить налог на прибыль за налоговый период, в котором произошло превышение, в общеустановленном порядке.Следует также отметить, что в связи с вступлением в силу норм Федерального закона от 28.11.2011 N 339-ФЗ, налогоплательщик - участник проекта "Сколково" получил право предоставлять в налоговый орган для подтверждения размера дохода и убытков не только выписку из книги учета доходов и расходов, но и отчет о прибылях и убытках, которым подтверждается годовой объем выручки от реализации товаров.Приказом Минфина России от 30.12.2010 N 196н утверждены формы: уведомления участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом "Об инновационном центре "Сколково" об использовании права на освобождение (о продлении использования права на освобождение, об отказе от освобождения) от исполнения обязанностей налогоплательщика; расчета совокупного размера прибыли (убытка) участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом "Об инновационном центре "Сколково"; расчета налоговой базы по налогу на прибыль организаций участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом "Об инновационном центре "Сколково". Также указанным Приказом утвержден Порядок заполнения формы расчета налоговой базы по налогу на прибыль организаций участника проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом "Об инновационном центре "Сколково".Следует отметить, что Минфин России придерживается позиции, исходя из которой следует, что для участников проекта возможность перехода с упрощенной системы налогообложения на иной режим налогообложения до окончания налогового периода статьей 346.13 НК РФ не предусмотрена. Следовательно, организации, применяющие упрощенную систему налогообложения и получившие статус участника проекта, вправе перейти на общий режим налогообложения с начала следующего календарного года и с начала этого же периода воспользоваться правом на освобождение от обязанностей налогоплательщиков по налогу на добавленную стоимость и (или) по налогу на прибыль организаций. Данная позиция приведена в письме Минфина России от 22.12.2011 N 03-03-10/124.Также в письме от 01.11.2011 N 03-11-06/2/150 финансовое ведомство отметило, что одним из документов, подтверждающих право на освобождение (продление срока), является выписка из книги учета доходов и расходов участника проекта, подтверждающая годовой объем выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав). Реализация участником проекта своего права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщиков, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость и налога на прибыль организаций, не означает перехода на применение упрощенной системы налогообложения. Помимо этого, Минфин России разъяснил, что налоговые декларации организациями - участниками проекта, применяющими общий режим налогообложения, представляются в порядке, установленном главами 21 и 25 НК РФ. Представление налоговых деклараций по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, указанными организациями - участниками проекта не предусмотрено. Данная позиция находит свое отражение в письме Минфина России от 26.10.2011 N 03-11-20/2.Необходимо также отметить позицию налоговых органов, касающуюся вопроса предоставления налоговых деклараций по налогу на прибыль организациями - участниками проекта "Сколково". Так, в письме Управления ФНС РФ по г. Москве от 24.08.2011 N 16-15/082365@ указано, что в случае, если организация получает статус участника проекта (день включения в реестр участников проекта), в течение 10 лет со дня получения данного статуса она имеет право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль. При этом право на освобождение возникает с 1-го числа месяца, следующего за месяцем получения статуса, и при условии обязательного соответствующего уведомления налогового органа об использовании права на освобождение от обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль. Соответственно, с даты начала использования права на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль и до утраты такого права либо добровольного отказа от предоставленного права организация - участник проекта, соответствующим образом уведомившая налоговый орган, не представляет налоговые декларации по налогу на прибыль за отчетные (налоговые) периоды начиная с указанной даты. При этом в случае, если дата начала использования права не совпадает с началом налогового периода, налоговые декларации по налогу на прибыль за период с начала налогового периода и до указанной даты представляются в общеустановленном порядке.