Налоговое законодательство обязывает бюджетные организации вести раздельный учет расходов по видам деятельности - бюджетной и предпринимательской. Таким образом, расходы за счет средств от коммерческой деятельности в отношении имущества, используемого в бюджетной деятельности, не могут учитываться в расчете налоговой базы. Однако из этого правила есть исключение. Оно касается учреждений, у которых в сметах доходов и расходов финансирование расходов по оплате коммунальных услуг, услуг связи и транспортных расходов по обслуживанию административно-управленческого персонала предусмотрено за счет двух источников - бюджетного и коммерческого. Согласно статье 321.1 Налогового кодекса РФ в уменьшение доходов от коммерческой деятельности принимаются фактически произведенные в отчетном (налоговом) периоде вышеназванные расходы пропорционально объему средств, полученных от коммерческой деятельности в общей сумме доходов, включая средства целевого финансирования. Внереализационные доходы при определении пропорции в состав доходов от предпринимательской деятельности не включаются. Это если предусмотрено направление коммерческих денег на эти цели сметой учреждения.Если финансирование подобных расходов вообще не предусмотрено документом, то их также разрешено учитывать в той же пропорции.В пункте 4 статьи 321.1 Налогового кодекса РФ с 2006 года прямо предусмотрено, что к числу расходов, связанных с осуществлением коммерческой деятельности, относятся расходы на ремонт основных средств, эксплуатация которых связана с ведением как коммерческой, так и некоммерческой деятельности и которые созданы (приобретены) за счет бюджетных средств. При условии, что финансирование данных расходов не предусмотрено в смете доходов и расходов бюджетного учреждения или не осуществляется за счет бюджетных средств.