В соответствии с действующим Законодательством РФ, бухгалтерский учет некоммерческих организаций ведется в общеустановленном порядке на основании учетной политики. По всем операциям, связанным с поступлением и расходом средств по уставной и предпринимательской деятельности, некоммерческие организации должны вести раздельный учет. Это необходимо для правильного определения финансового результата деятельности некоммерческой организации в соответствии с ее уставными целями, а также для обеспечения порядка в ходе ведения налогового учета. Прибыль от предпринимательской деятельности не подлежит перераспределению между членами некоммерческой организации, а направляется на достижение целей, ради которых она создавалась. Действующее налоговое законодательство выделяет специфику такого вида поступлений, как средства целевого финансирования, закрытый перечень которых приведен в под. 14, п. 1.
ст. 251 Налогового Кодекса РФ. Налогоплательщики, получающие средства целевого финансирования обязаны вести раздельный учет доходов и расходов, полученных в рамках целевого финансирования. Только в этом случае эти средства исключаются из категории доходов, подлежащих налогообложению. Налоговым Кодексом Российской Федерации также введено понятие целевых поступлений, перечень которых определен п. 2.
ст. 251 Налогового Кодекса РФ. Целевые поступления не учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль, но только при условии, что они используются на ведение уставной деятельности. Учреждение некоммерческой организации не предусматривает формирования уставного капитала. Налоговый Кодекс РФ закрепляет за некоммерческими организациями возможность использования упрощенной системы налогообложения, если доля участия в них других организаций составляет менее 25%. Для некоторых организационно-правовых форм некоммерческих организаций Налоговый Кодекс РФ предусматривает льготное налогообложение по налогу на добавленную стоимость. Кроме того, некоторые формы некоммерческих организаций в отдельных случаях освобождаются от налога на прибыль и налога на имущество. Так, не облагаются налогом на прибыль вступительные, членские и целевые взносы некоммерческих организаций, паевые вклады потребительских кооперативов, а также пожертвования и имущество, переходящее в собственность некоммерческой организации в порядке наследования по завещанию.