Уважительность причин пропуска оценивает суд. В материальном праве такими являются: болезнь, беспомощное состояние и т. д. Раз руководство ошиблось - с Вас какой спрос? В Вашем случае уважительных причин пропуска, видимо нет. Но, помните, что основанием для отказа суда в удовлетворении ваших требований по причине пропуска срока - является заявленное ответчиком ходатайство о пропуске вами срока. Суд по собственной инициативе этого сделать не может (см. Постановление Пленума ВС РФ) . А потом, при обжаловании решения ИФНС - подается ЗАЯВЛЕНИЕ, а не ИСК!! ! А если требования исковые - срок не пропущен. И потом, обращение заинтересованного лица в вышестоящий в порядке подчиненности орган или к должностному лицу не является обязательным условием для подачи заявления в суд (ч. 2ст. 247
ГПК РФ). Так что первоначально - в суд, а потом куда захочет руководство.